К открытию прогимноспермов привело не обнаружение ранее неизвестных родов
А лишь установление прижизненной связи давно известных частей, помещавшихся в виде разных форм-родов в разные части системы. Род Archaeopteris помещался в гетероспоровые прапапоротники, а род Callixylon — в голосеменные (Cordaitales). Только в 1960 г. Бек (Beck, 1960) установил, что это — разные части одних и тех же растений. В дальнейшем в прогимноспермы перешли протоптеридиевые (ранее считались наиболее примитивными прапапоротниками) и протопитиевые(их стволы относили к Cordaitales). Мнения о месте прогимноспермов в системе высших растений расходятся. Большинство палеоботаников, непосредственно исследующих эти растения, считают их особым классом Progymnospermopsida.
Филогенетически прогимноспермы связаны с тримерофитовыми проптеридофитами, от которых, видимо, произошли и папоротники.
Поэтому с кладистической точки зрения прогимноспермы не должны объединяться с папоротниками.
Если подходить к таксонам высшего ранга как к уровням морфолого-анатомической и физиологической организации, то объединять с папоротниками наиболее развитых прогимноспермов едва ли целесообразно, поскольку по всему комплексу признаков, кроме наличия семезачатков, они сопоставимы с голосеменными. При этом приобретение семян, по-видимому, не сопровождалось перестройкой вегетативной сферы и даже мужских фруктификаций. С этой точки зрения высшие прогимноспермы (Archaeopteridales и Protopityales) — типичная переходная группа. Интегрируя оба подхода (кладистический и уровневый), мы получаем возможность обособить прогимноспермов от папоротников. Правда, древнейшие прогимноспермы близки и к тримерофитам, и к примитивнейшим папоротникам. Тут разделение трех групп неизбежно условно. Скажем, принимается, что формы с вторичной древесиной следует относить к прогимноспермам, хотя род Reinmannia, близкий по комплексу признаков к протоптеридиевым, не имеет Вторичной древесины. Признаки прогимноспермов и зигоптеридиевых совмещаются у рода Rhacophyton, иногда выделяемого в особый порядок и даже класс.
Подразделение прогимноспермов на три порядка не вызывает трудностей, если удается связать стерильные и фертильные части и изучить анатомию осей.
Сложнее дело обстоит с номенклатурой. Неясно, какое из двух названий (Protopteridiales или Aneurophytales) следует принять для порядка, объединяющего протостелических прогимноспермов. Неудачно и название порядка Archaeopteridales, так как вполне вероятно, чго вайи форм-рода Archaeopteris принадлежали как прогимноспермам, так и наиболее примитивным голосеменным. Порядок Protopityales остается плохо изученным.
Бек показал, что потомками прогимноспермов можно считать порядок Noeggerathiales (его ошибочно сближали с членистостебельными). С кладистической точки зрения этот порядок также можно включать в класс Progymnospermopsida.